サリン事件以降のオウム真理教をめぐる一連の騒動をオウムの内部から克明に記録した衝撃のドキュメンタリー「A」から2年後、名前を「アレフ」と変え、各地に分散して活動を続けるオウム信者と、地域ぐるみでの反対運動を繰り広げる地元住民との摩擦と両者の奇妙な人間関係を、再びオウムの内部から観察していく。